Správní řízení o udělení mezinárodní ochrany provádí ministerstvo jako orgán I. stupně. Zahájení správního řízení o udělení mezinárodní ochrany ve smyslu zákona o azylu je vázáno na písemně či ústně do protokolu učiněné podání žádosti o udělení mezinárodní ochrany cizincem, což je projev vůle cizince, z něhož je zřejmě, že hledá v České republice ochranu před pronásledováním nebo vážnou újmou.

Takovou žádost lze podat pouze na území České republiky (nikoliv tedy například prostřednictvím ambasády), a to cizinecké policii na zákonem o azylu stanovených místech, konkrétně na hraničním přechodu, v přijímacím středisku, na odboru cizinecké policie krajského ředitelství policie (za podmínky, že se cizinec dostavil dobrovolně) a v zařízení pro zajištění cizinců, je-li tam cizinec umístěn (s výjimkou cizince zajištěného za účelem jeho předání nebo průvozu podle mezinárodní smlouvy sjednané s jinými členskými státy Evropské unie přede dnem 13. ledna 2009 nebo přímo použitelného předpisu Evropské unie). Výjimkou jsou případy, kdy se cizinec nachází ve zdravotnickém zařízení, či vykonává vazbu, trest odnětí svobody, ochranné léčení nebo je jinak omezena jeho svoboda pohybu. V těchto případech lze podat žádost o mezinárodní ochranu písemně přímo vůči ministerstvu.

Pokud cizinec nepodává žádost v přijímacím středisku, má povinnost dostavit se do 24 hodin do přijímacího střediska, kde následně poskytne ministerstvu podrobnější údaje k podané žádosti. Výjimkou jsou pouze situace, kdy se cizinec z objektivních důvodů dlouhodobě nemůže do přijímacího střediska dostavit (hospitalizace, vězení) a pracovník ministerstva jej navštíví za účelem poskytnutí podrobnějších údajů k podané žádosti, případně provedení dalších správních úkonů přímo ve zdravotnickém zařízení či věznici. Ve lhůtě 24 hodin od okamžiku, kdy byl cizinec propuštěn z hospitalizace, výkonu vazby, výkonu trestu odnětí svobody, ochranného léčení či bylo jinak zrušeno omezení svobody jeho pohybu, je opět povinen dopravit se do přijímacího střediska.

V přijímacím středisku je cizinec, který podal žádost o udělení mezinárodní ochrany, především povinen strpět sejmutí daktyloskopických otisků prstů a pořízení obrazového záznamu s cílem zjistit nebo ověřit jeho totožnost. Sejmutí otisků zajišťuje policie, pořízení obrazového záznamu zajišťuje ministerstvo. Dále je cizinec povinen odevzdat svůj cestovní doklad, a strpět osobní prohlídku a prohlídku svých věcí v případě důvodného podezření, že skrývá něco, co lze užít jako podklad pro vydání rozhodnutí, zejména cestovní či jiný doklad, nebo věc ohrožující život či zdraví osob nebo alkohol a jinou návykovou látku. Cizinec je rovněž podroben lékařským vyšetřením zaměřeným na zjištění, zda netrpí chorobou ohrožující jeho život či zdraví nebo život či zdraví jiných osob.

Po provedení všech nezbytných úkonů je žadatel o mezinárodní ochranu obvykle přemístěn do pobytového střediska, kde vyčkává rozhodnutí v prvním stupni. Žadatel může rovněž požádat o možnost bydlení na soukromé adrese, které je pak ovšem plně na jeho náklady.

Ministerstvo může také rozhodnout o zajištění žadatele i po provedení všech výše jmenovaných opatření, a to až po dobu 120 dní, zejména pokud je nutné zjistit jeho totožnost (např. nemá cestovní doklad nebo je jeho doklad padělaný), pokud představuje nebezpečí pro bezpečnost státu, případně veřejný pořádek. Dalšími důvody pro zajištění může být i ztěžování vlastního řízení o mezinárodní ochraně či předání do odpovědného členského státu podle dublinského nařízení. Proti tomuto rozhodnutí má žadatel právo podat ve lhůtě žalobu k soudu. Při poskytnutí podrobnějších údajů k podané žádosti, které sepíše s cizincem pracovník ministerstva, se vedle faktografických údajů o cizinci a jeho rodině zjišťují i důvody, které jej vedly k odchodu ze země a podání žádosti o mezinárodní ochranu v České republice. Následně je v rámci řízení o udělení mezinárodní ochrany obvykle veden s žadatelem jeden či více pohovorů, ve kterých má možnost blíže specifikovat důvody, které jej vedly k odchodu ze země a podání žádosti o mezinárodní ochranu v České republice. Pohovor k žádosti o udělení mezinárodní ochrany patří mezi nejdůležitější úkony azylové procedury, neboť dává žadateli o mezinárodní ochranu dostatečný prostor popsat své problémy a situaci v zemi původu. Žadatel má rovněž možnost předložit či navrhnout ministerstvu další důkazní prostředky, kterými chce podpořit svá tvrzení během řízení.

V řízení o udělení mezinárodní ochrany má cizinec právo jednat v mateřském jazyce nebo v jazyce, ve kterém je schopen se dorozumět. | Ministerstvo cizinci poskytne bezplatně tlumočníka na úkony, ke kterým byl ministerstvem předvolán či vyzván. Pokud chce, můžete si přizvat i dalšího tlumočníka podle své volby, ovšem již na své vlastní náklady. Písemnosti vyhotovené v cizím jazyce je žadatel povinen předkládat v originálním znění a současně v překladu do jazyka českého, pokud se nejedná o písemnosti vyhotovené v jazyce, který si zvolil jako svůj jednací jazyk řízení a kdy tyto materiály překládá na své náklady správní orgán.

Cizinci starší 18ti let mají právo jednat v řízení o udělení mezinárodní ochrany samostatně, osoby mladší musí být během řízení zastupovány, a to již při podání žádosti, svým zákonným zástupcem (otec, matka), a není-li to možné, je jim ustanoven ministerstvem opatrovník pro řízení ve věci mezinárodní ochrany. Pokud nemůže cizinec v řízení samostatně jednat z důvodu svého zdravotního stavu, ustanoví mu ministerstvo rovněž opatrovníka pouze pro účely řízení o udělení mezinárodní ochrany.

Žadatel o udělení mezinárodní ochrany má rovněž v průběhu řízení právo požádat o právní pomoc jinou osobu, popřípadě se nechat v řízení touto osobou zastupovat. Takové osobě musí vyhotovit písemnou plnou moc k zastupování.

Po celou dobu řízení o udělení mezinárodní ochrany má žadatel o udělení mezinárodní ochrany také právo být ve styku s Úřadem Vysokého komisaře OSN pro uprchlíky (UNHCR) nebo se obrátit na nestátní neziskové organizace, které se zabývají ochranou práv žadatelů o udělení mezinárodní ochrany. Kontakty na ně obdrží od ministerstva bezodkladně po podání žádosti o mezinárodní ochranu.

Rozhodnutí ve věci mezinárodní ochrany vydá ministerstvo 6 měsíců  ode dne poskytnutí podrobnějších údajů k žádosti rozhodnutí ve věci. Nelze-li vzhledem k povaze věci rozhodnout v této lhůtě, může ji ministerstvo z důvodů, které zákon předvídá, prodloužit. O prodloužení lhůty účastníka řízení bez zbytečného odkladu písemně vyrozumí.

Rozhodnutí nabývá právní moci dnem doručení žadateli.

Řízení o udělení mezinárodní ochrany může být ukončeno rozhodnutím ve věci (negativním či pozitivním), zamítnutím žádosti o udělení mezinárodní ochrany jako zjevně nedůvodné, nebo zastavením řízení.

Ministerstvo udělí cizinci azyl dle § 12 zákona o azylu, bude-li v řízení o udělení mezinárodní ochrany zjištěno, že cizinec je pronásledován za uplatňování politických práv a svobod, nebo má odůvodněný strach z pronásledování z důvodu rasy, pohlaví, náboženství, národnosti, příslušnosti k určité sociální skupině nebo pro zastávání určitých politických názorů ve státě, jehož občanství má, nebo, v případě že je osobou bez státního občanství, ve státě jeho posledního trvalého bydliště. Ministerstvo udělí azyl dle § 13 zákona o azylu v případě hodném zvláštního zřetele rodinnému příslušníkovi azylanta, jemuž byl udělen azyl podle § 12 nebo § 14, a to za účelem sloučení rodiny. Ministerstvo udělí humanitární azyl dle § 14 zákona o azylu cizinci, jestliže v řízení o udělení mezinárodní ochrany nebude zjištěn důvod pro udělení azylu podle § 12, ale budou shledány zvláštního zřetele hodné důvody pro udělení azylu z humanitárního důvodu. V případě udělení azylu obdrží azylant průkaz povolení k pobytu azylanta, který jej opravňuje trvale pobývat na území ČR. Zároveň má možnost požádat ministerstvo o speciální druh cestovního dokladu pro uprchlíky.

Ministerstvo udělí doplňkovou ochranu dle § 14a cizinci, který nesplňuje důvody pro udělení azylu, bude-li v řízení o udělení mezinárodní ochrany zjištěno, že v jeho případě jsou důvodné obavy, že pokud by byl cizinec vrácen do státu, jehož je státním občanem, nebo v případě, že je osobou bez státního občanství, do státu svého posledního trvalého bydliště, by mu hrozilo skutečné nebezpečí vážné újmy a že nemůže nebo není ochoten z důvodu takového nebezpečí využít ochrany státu, jehož je státním občanem, nebo svého posledního trvalého bydliště. Za vážnou újmu se podle zákona o azylu považuje uložení nebo vykonání trestu smrti, mučení nebo nelidské či ponižující zacházení nebo trestání žadatele o mezinárodní ochranu, vážné ohrožení života nebo lidské důstojnosti civilisty z důvodu svévolného násilí v situacích mezinárodního nebo vnitřního ozbrojeného konfliktu, nebo pokud by vycestování cizince bylo v rozporu s mezinárodními závazky České republiky. Ministerstvo udělí doplňkovou ochranu dle § 14b zákona o azylu rodinnému příslušníkovi osoby požívající doplňkové ochrany v případě hodném zvláštního zřetele, a to za účelem sloučení rodiny. V případě udělení doplňkové ochrany obdrží cizinec průkaz povolení k pobytu osoby požívající doplňkové ochrany, který mu umožňuje legální pobyt na území ČR po dobu v něm uvedenou. Rovněž má možnost požádat o vydání cestovního dokladu (tzv. cizineckého pasu). Před plynutím doby, na kterou byla žadateli doplňková ochrana udělena, má možnost požádat ministerstvo o její prodloužení. V případech neshledání důvodů pro udělení jedné z výše uvedených forem mezinárodní ochrany vydá ministerstvo rozhodnutí o jejím neudělení, tj. negativní rozhodnutí ve  věci.

Ministerstvo zamítne žádost cizince o mezinárodní ochranu podle § 16 jako zjevně nedůvodnou, jestliže žadatel například uvádí pouze ekonomické důvody, bez vážného důvodu uvádí nesprávné údaje o své totožnosti nebo státním občanství nebo tyto údaje odmítá uvést, žádá o udělení mezinárodní ochrany pouze proto, aby unikl situaci všeobecné nouze, přichází ze státu, který Česká republika považuje za bezpečnou zemi původu, uvádí skutečnosti zjevně nevěrohodné, s cílem ztížit zjištění skutečného stavu věci zničil, poškodil nebo zatajil svůj cestovní doklad či jinou důležitou listinu, anebo s tímto cílem předložil padělaný nebo pozměněný cestovní doklad či jinou důležitou listinu, nebo podal žádost o udělení mezinárodní ochrany s cílem vyhnout se hrozícímu vyhoštění nebo vydání k trestnímu stíhání do ciziny, ačkoliv mohl požádat o udělení mezinárodní ochrany dříve.

V případě zjevně nedůvodných žádostí ministerstvo provádí tzv. zrychlené řízení. V takovém případě musí být rozhodnuto nejpozději do 90 dnů ode dne poskytnutí podrobnějších údajů k žádosti.

Řízení o udělení mezinárodní ochrany nemusí být ukončeno pouze rozhodnutím ve věci, ale také zastavením řízení. Ministerstvo řízení zastaví, pokud například žadatel o udělení mezinárodní ochrany vzal žádost o udělení mezinárodní ochrany zpět, získal státní občanství ČR nebo zemřel; dále rovněž jestliže se žadatel o udělení mezinárodní ochrany bez vážného důvodu nedostavil k poskytnutí údajů k podané žádosti nebo k pohovoru nebo neposkytuje informace nezbytné pro spolehlivé zjištění stavu věci, o němž nejsou důvodné pochybnosti, nebo když žadatel o udělení mezinárodní ochrany v průběhu řízení vstoupil bez závažného důvodu na území jiného státu nebo se o vstup na území jiného státu pokusil, nebo nelze zjistit místo pobytu žadatele a na základě dosud zjištěného stavu věci nelze rozhodnout aj.

Řízení o udělení mezinárodní ochrany se zastavuje i v případě tzv. nepřípustných žádostí  dle § 10a zákona o azylu. Nepřípustnými jsou žádosti podané občanem Evropské unie, dále pak žádosti, k jejichž posouzení je příslušný jiný členský stát Evropské unie nebo žádosti v případech, kdy byla cizinci udělena mezinárodní ochrana jiným státem EU nebo přichází-li cizinec ze státu, který Česká republika považuje za evropskou bezpečnou třetí zemi nebo za bezpečnou třetí zemi. Nepřípustnou je shledána rovněž žádost, kterou podal opakovaně cizinec, aniž by uvedl nebo se objevily nové skutečnosti nebo zjištění, které nebyly bez jeho vlastního zavinění předmětem zkoumání důvodů pro udělení mezinárodní ochrany v předchozím pravomocně ukončeném řízení ve věci mezinárodní ochrany a nesvědčí o tom, že by cizinec mohl být vystaven pronásledování z důvodů uvedených v § 12 nebo že mu hrozí vážná újma podle § 14a.

V případě podání tzv. další opakované žádosti o mezinárodní ochranu, tj. třetí v pořadí a každé následující po ní, ministerstvo může do 10 dnů od jejího podání řízení usnesením zastavit. A to v případech, kdy se nelze s ohledem na předchozí řízení nebo podstatnou změnu okolností vztahující se k možnému pronásledování uvedenému v § 12 nebo k hrozbě vážné újmy dle § 14a důvodně domnívat, že by cizinec mohl být vystaven pronásledování nebo že mu hrozí vážná újma. Na žadatele o udělení mezinárodní ochrany, který podal tzv. další opakovanou žádost, se nevztahují práva a oprávnění, která by měl jako žadatel o mezinárodní ochranu podle zákona o azylu a zvláštních právních předpisů. Usnesení o zastavení řízení ministerstvo cizinci doručí na adresu místa pobytu na území, pokud ji uvede. Jinak usnesení uloží po dobu 10 dnů v azylovém zařízení, kde byl naposledy přihlášen k pobytu a oznámení o uložení písemnosti vyvěsí na úřední desce v tomto azylovém zařízení.

Proti pravomocnému rozhodnutí ministerstva vnitra lze podat žalobu ke krajskému soudu místně příslušnému podle místa hlášeného pobytu cizince v den podání žaloby. Žalobu lze podat ve lhůtě 15 dní ode dne doručení rozhodnutí a má odkladný účinek. Pouze v případě zastavení řízení o udělení azylu dle § 25 zákona o azylu (s výjimkou aplikace bezpečné třetí země), žaloby proti rozhodnutí dle § 16 odst. 1 písm. b), d), f) a g) zákona o azylu a žaloby proti rozhodnutí o udělení azylu, doplňkové ochrany a rozhodnutí o prodloužení doplňkové ochrany není zákonem přiznán odkladný účinek. Má-li žaloba odkladný účinek, je cizinec po dobu řízení o žalobě proti rozhodnutí ministerstva vnitra v postavení žadatele o mezinárodní ochranu nemůže být mimo jiné z území České republiky do ukončení soudního řízení vyhoštěn. Proti rozhodnutí krajského soudu o žalobě proti rozhodnutí Ministerstva vnitra ve věci mezinárodní ochrany má cizinec dále právo podat kasační stížnost k Nejvyššímu správnímu soudu v Brně. Zákon o azylu přiznává podané kasační stížnosti přímo ze zákona odkladný účinek, pouze pokud měla žaloba podaná ke krajskému soudu rovněž odkladný účinek ze zákona. Rovněž v tomto případě, tedy má-li podaná kasační stížnost odkladný účinek, nemůže být cizinec po dobu soudního řízení o této kasační stížnosti z území České republiky vyhoštěn.